かがみさんとこを見ていてちょっと気になったので試してみたのですが、透過GIFならぬ透過PNGというのは、例えば hoge.png: というのを透過にする場合、

% pngtopnm hoge.png | pnmdepth 8 | pnmtopng -transparent rgb:ff/ff/ff > transparent.png

としてやることで のように透過にすることができるようです。

関係ないですが、この記事を書くまでPNGに透明色があるのを知りませんでした(^^;)。InternetExplorerで透過できる場合と出来ない場合があるので、いろいろ試してみたら、grayscaleではなく colormap にしてから transparent オプションをつけてやるとうまくいくようです。
# 透過ってアルファチャンネルしかないと思ってました(恥)